太平洋战争爆发后，侨汇中断，广大侨眷生活陷入困境。毓杰也由于侨汇中断的原因，无法继续读书，后由党组织调到当时中区特委联络站的沙岗新华小学任教，并任沙岗党支部组织委员。他注意教育党员严守纪律，绝对保守秘密。沙岗党支部在掩护当时住在沙岗的中区特委领导成员，发挥了应有的作用。

1942年10月，毓杰和张定原执行具委书记李海的指示，一起打入开平具干训所的户籍班学习，目的是摸清国民党办理户籍的情况。学习班结束后，经党组织决定，毓杰便在赤坎中庙乡公所当户籍干事。在任职期间，他利用职务之便，帮助一些外地来的地下党同志取得“身份证”,从而避开敌人的搜查，更好地开展革命活动。

1942年5月，我党粤北省委遭到国民党特务破坏。中共中央南方局发出指示：国民党统治区的党组织，一律暂时停止活动，割断与暴露地区的组织关系，已暴露的干部立即撤往游击区，其余干部应找社会职业作掩护，进行勤职业、勤学习、勤交友的“三勤”活动和执行“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的十六字方针。开平县委认真贯彻上级的指示，对原有的组织联络进行调整，并采取了一系列紧急措施。1943年初，毓杰通过进步人士关汉伟的介绍到罗定具田粮处任雇员，继续进行革命活动。并与撤往新兴以教书作掩护的一些共产党员联系，以待时机。

1944年，抗日战争转入反攻阶段。日本帝国主义仍然作垂死挣扎，集结力量，企图打通粤汉线、湘桂线，控制整个华南。中共广东省临委根据中央的指示，决定放手发动群众开展全省游击战争，开辟新的抗日战场。1944年5月，新鹤人民抗日游击大队宣告成立。这时，开平党组织根据上级的指示，决定输送一批党员到抗日游击队去。6月，毓杰接到开平县党组织的通知，奔赴新会陈村石步圩参加我党掌握的自卫队。7月间，毓杰又接到调动通知，赶到中区特委的寺前圩阜安联络站报到。当天他同张定原共进晚饭。席间，张定原题诗以壮行色。其中两句是：“奋斗目标明，战场来请缨。”饭后，毓杰由交通员张楫带路进入高明山区，参加新鹤人民抗日游击大队。

1944年10月，根据中共广东省临委和广东军政委员会决定，广东人民抗日游击队珠江纵队部分主力挺进粤中。11月，挺进部队和粤中游击队合并编为广东人民抗日解放军。整编后，关毓杰在部队担任司务长，负责后拗供给工作。那时，部队战斗频繁，经常易地转移，在给养上又全靠自筹自给，因此任务十分艰巨。毓杰迎难而上，紧紧依靠地方党组织和基本群众，想方设法筹集到粮饷，当好“先行官”,保证了部队的给养，有力地配合了部队的对敌斗争。